配置方式：

自动设置代理：通常是通过软件或浏览器自动识别并配置代理服务器。用户无需手动输入代理服务器的IP地址、端口号等详细信息，只需启动相关软件或浏览器，它会自动根据预设的规则或配置文件来选择合适的代理服务器。

手动设置代理：用户需要手动输入代理服务器的IP地址、端口号以及其他相关配置信息。这种设置方式需要用户具备一定的技术知识和对网络设置有一定的了解。

灵活性和可控性：

自动设置代理：通常更加灵活和智能。它可以根据用户指定的规则和条件，动态地选择合适的代理服务器进行中转。例如，可以根据URL、IP地址或其他参数进行匹配，从而自动选择最佳的代理服务器来处理每个请求。这种方式可以根据网络环境的变化自动调整代理设置，提高网络连接的稳定性和效率。

手动设置代理：虽然不够灵活，但提供了更高的可控性。用户可以根据自己的需求选择合适的代理服务器，并可以针对特定的网络需求进行配置。例如，可以指定只针对某些网站或服务使用代理，或者根据访问时间、访问频率等因素进行代理的切换。

安全性和隐私保护：

自动设置代理：由于依赖于第三方软件或浏览器的自动配置，可能会存在一定的安全风险。特别是当使用公共代理或不受信任的代理服务器时，用户的网络请求和数据可能会被窃取或篡改。因此，在使用自动设置代理时，需要选择可信赖的代理服务提供商，并确保网络连接的安全性。

手动设置代理：相比之下，手动设置代理更为安全。用户可以自行选择代理服务器，并可以通过设置身份验证、加密传输等方式来保护自己的网络请求和数据。此外，手动设置代理还可以帮助用户隐藏自己的真实IP地址，提高在线隐私保护能力。

使用难度：

自动设置代理：通常较为便捷，用户无需手动配置代理设置，只需启动相关软件或浏览器即可。但对于不熟悉网络设置的用户来说，可能需要一些时间来了解如何设置和使用自动代理。

手动设置代理：需要一定的技术知识和对网络设置有一定的了解。对于不熟悉网络设置的用户来说，可能会觉得手动设置代理有一定的难度。然而，一旦掌握了相关知识和技能，手动设置代理将变得更加灵活和可控。

综上所述，自动设置代理和手动设置代理在配置方式、灵活性和可控性、安全性和隐私保护以及使用难度等方面存在一定的区别。用户可以根据自己的需求和实际情况选择适合自己的代理设置方式。